Für die auszahlende Gesellschaft sind beide Varianten gleichwertig, wenn sie zum uneingeschränkten Vorsteuerabzug berechtigt ist. Aus der Sicht des Gesellschafter-Geschäftsführers wird in der Regel die Verrechnung mit Umsatzsteuer vorteilhafter sein. Geschäftsführer können nämlich nur dann von den Vorteilen der Vorsteuerpauschalierung profitieren bzw. die Umsatzsteuer auf Vorleistungen als Vorsteuer abziehen, wenn sie Unternehmer im Sinne des Umsatzsteuergesetzes sind.
Zwei Fälle sind denkbar, in denen ein Gesellschafter-Geschäftsführer umsatzsteuerlich als Unternehmer anzusehen ist:
Geschäftsführer mit mehr als 50% der Stimmrechte oder mit Sperrminorität
Der erste Fall betrifft Gesellschafter-Geschäftsführer, die aufgrund ihrer Gesellschafterstellung verhindern können, dass ihnen von der Generalversammlung der Gesellschaft Weisungen hinsichtlich der Führung der Gesellschaft erteilt werden. Das ist immer dann der Fall, wenn dem Gesellschafter-Geschäftsführer mindestens die Hälfte der Stimmrechte zusteht (ab 50 %) oder wenn der Gesellschaftsvertrag vorsieht, dass seine Ablehnung alleine ausreicht, um einen Generalversammlungsbeschluss zu verhindern (so genannte Sperrminorität). Die umsatzsteuerliche Unternehmereigenschaft der in diese Fallgruppe einzuordnenden Geschäftsführer ist unumstritten. Nach der Verwaltungspraxis kann sich der Gesellschafter-Geschäftsführer in diesen Fällen aber aus Vereinfachungsgründen auch als Nichtunternehmer behandeln lassen. Die Finanzverwaltung akzeptiert die Anwendung der Vereinfachung aber nicht, wenn der Gesellschaft aus irgendeinem Grund der unbeschränkte Vorsteuerabzug nicht zusteht – etwa wenn die Gesellschaft unecht umsatzsteuerbefreite Umsätze tätigt.
Weisungsfreie Geschäftsführer
Die zweite Fallgruppe umfasst Gesellschafter-Geschäftsführer, die nicht in die erste Gruppe gehören, die aber aufgrund ihrer vertraglichen Vereinbarung mit der Gesellschaft ihre Geschäftsführungstätigkeit weisungsfrei ausführen. Etwa weil sie in der Form eines (Sanierungs-)Auftrages oder eines freien Dienstverhältnisses tätig werden. Allerdings will die Finanzverwaltung solchen Geschäftsführern die Unternehmereigenschaft nicht ohne weiteres zuerkennen.
Keinesfalls unternehmerisch tätig und daher zum Vorsteuerabzug nicht berechtigt sind Gesellschafter-Geschäftsführer, die als Dienstnehmer im Sinne des Einkommensteuergesetzes zu beurteilen sind. Das ist der Fall wenn sie weniger als 25 % der Stimmrechte, keine Sperrminorität, kein freies Dienstverhältnis und keinen Auftrag haben.